Fərqanə adı, qədim və zəngin bir tarixə malik olan, Orta Asiyanın əsas coğrafi-siyasi regionlarından birinin – Fərqanə vadisinin adından götürülmüşdür. Bu ada sahib olan şəhərlər və bölgələr yalnız Özbəkistanla məhdudlaşmır; tarix boyu Fərqanə vadisi müxtəlif imperiyaların və mədəniyyətlərin təsiri altında olmuş, bu da adın mənasına və yayılmasına təsir göstərmişdir.
Fərqanə adının etimologiyası tam olaraq aydınlaşdırılmasa da, müxtəlif dillərdəki köklərlə əlaqələndirilən bir neçə nəzəriyyə mövcuddur. Bəzi alimlər adın İran dillərindən, xüsusən də "Fərğan" kimi səslənən və "məhsuldar", "bərəkətli" mənalarını verən bir kökdən əmələ gəldiyini irəli sürürlər. Bu, Fərqanə vadisinin əlverişli iqlim şəraiti və əkinçiliyə əlverişli torpaqlarına işarə edir. Vadisinin bol sulu çayı, münbit torpaqları və əlverişli iqlim şəraiti tarix boyu bu ərazini əhalinin sıx məskunlaşdığı bir yerə çevirib.
Başqa bir nəzəriyyəyə görə isə, adın türk dilləri ilə əlaqəsi daha güclüdür. Bu nəzəriyyəyə əsasən, adın mənası "fərq", "fərqlilik" və ya "ayrılıq" kimi interpretasiya edilə bilər. Bu, Fərqanə vadisinin coğrafi mövqeyini və digər bölgələrdən fərqlənməsini əks etdirə bilər. Vadi, ətraf dağlarla əhatə olunmuş, özünəməxsus təbii sərhədləri olan bir məkandır.
Beləliklə, Fərqanə adı sadəcə bir coğrafi ad deyil, tarixin, mədəniyyətin və dilin qovuşduğu, zəngin bir məna dünyasını özündə əks etdirən bir termindir. Adın dəqiq mənası mübahisəli olsa da, onun Fərqanə vadisinin təbii sərvətləri və ya coğrafi mövqeyinə istinad etməsi ehtimalı yüksəkdir. Adın müxtəlif dillərdəki mümkün kökləri və mənaları, regionun qədim və mürəkkəb tarixinin bir əksidir.