Mikroskopiya (yun. mikros – kiçik + skopeo – baxıram) – gözlə görünməyən kiçik cisimləri və strukturları öyrənmək üçün mikroskopdan istifadə edən elmi sahədir. Mikroskopiya sadəcə mikroskopun istifadəsini deyil, həm də tədqiqat obyektinin hazırlanması, mikroskopun düzgün seçilməsi və idarə edilməsi, alınan nəticələrin interpretasiyası kimi bir sıra əlaqəli prosesləri əhatə edir.
Bu təcrübi fənn, müxtəlif növ mikroskoplardan (optik, elektron, skanlama zondlu və s.) istifadə edərək, biologiya, tibb, materialşünaslıq, geoloji və digər elmi sahələrdə geniş tətbiq olunur. Mikroskopiya vasitəsilə hüceyrə strukturları, bakteriyalar, viruslar, minerallar, metallar və digər mikroskopik cisimlərin morfologiyası, tərkibi və xassələri araşdırılır.
Mikroskopik preparatların hazırlanması, tədqiqat obyektinin növündən və tədqiqat məqsədindən asılı olaraq, müxtəlif üsullarla həyata keçirilir. Bu üsullar arasında boyanma, fiksasiya, kəsmə, şəkil çəkmə və digər texnikalar yer alır. Mikroskopiya vasitəsilə əldə edilən nəticələr fotoqrafiya, videoyazı və digər rəqəmsal metodlarla sənədləşdirilir və elmi tədqiqatlarda istifadə olunur.
Beləliklə, mikroskopiya sadəcə bir cihazın istifadəsini deyil, bir çox texniki və elmi bilikləri, həmçinin təhlil və interpretasiya bacarıqlarını tələb edən mürəkkəb bir elmi sahədir. Müasir mikroskopiya texnologiyalarının inkişafı ilə daha yüksək dəqiqlik və görüntü keyfiyyəti əldə edilməsi mümkün olur, bu da elmin müxtəlif sahələrində yeni kəşflərə gətirib çıxarır.