Morfonologiya [yun. morphe – forma, phone – səs və logos – təlim] dilçiliyin bir sahəsidir ki, dilin səs sisteminin (fonologiya) və formaların quruluşunun (morfologiya) qarşılıqlı əlaqəsini öyrənir. Daha dəqiq desək, morfonologiya morfemlərin səs formasının (fonem tərkibinin) onların mənası və qrammatik funksiyası ilə necə əlaqədardığını təhlil edir. Bu əlaqənin təhlili, səs dəyişikliklərinin (məs., sait harmoniyası, assimilyasiya, dissimilyasiya) morfemlərin birləşməsindən və onların müxtəlif qrammatik formalarının əmələ gəlməsindən necə asılı olduğunu göstərir.
Morfonoloji tədqiqatlar, dilin səs qanunlarının morfoloji proseslərə necə təsir etdiyini aydınlaşdırmaq üçün aparılır. Məsələn, bir çox dillərdə sait harmoniyası müşahidə olunur, yəni bir morfemə əlavə olunan əlavələr (affikslər) həmin morfemdəki saitlərlə uyğunlaşır (məs., türk dilindəki -lar, -lər əlavələri). Morfonoloji tədqiqatlar bu cür qanunauyğunluqları müəyyən edir və onların dilin strukturuna necə təsir etdiyini izah edir.
Morfonologiya, həmçinin, morfemlərin səs formasının onların mənası və qrammatik funksiyasından necə asılı olduğunu təhlil edərək, morfemlərin sintaktik və semantik xüsusiyyətlərinin fonetik ifadəsini araşdırır. Məsələn, fərqli qrammatik zamanları ifadə edən fe'l şəkillərinin səs formalarının müqayisəsi morfonoloji tədqiqatın əsasını təşkil edir. Bu sahədəki tədqiqatlar, səs dəyişikliklərinin dilin inkişafında və dəyişməsindəki rolunu anlamaq üçün də əhəmiyyətlidir.
Qısaca olaraq, morfonologiya fonologiya və morfologiyanı birləşdirən, səsin və formasın qarşılıqlı əlaqəsini öyrənən bir dilçilik sahəsidir. Bu sahə, dilin strukturunun daha dərin və tam başa düşülməsi üçün vacib rol oynayır. Morfonoloji təhlillər, dil qanunlarının açıqlanmasına, dil tarixinin öyrənilməsinə və dil dəyişikliklərinin izahına kömək edir.