Şifr [fr. chiffre, əsli ər. sifir] sözü fransız dilindən mənşəli olub, kökü ərəb dilindəki "sıfır" sözünə dayanır. Maraqlıdır ki, "sıfır"ın mənası ilə şifrin mənası arasında birbaşa əlaqə görünməsə də, tarixi inkişaf prosesində bu əlaqə aydınlaşır. Əvvəlcə "sıfır" rəqəmini təmsil edirdi, sonralar isə hər hansı bir məlumatı gizlətmək üçün istifadə edilən simvollar sisteminə keçid baş vermişdir. Bu, ehtimal ki, sıfırın boşluq, gizlilik anlayışıyla assosiasiyası ilə bağlıdır. Belə ki, sıfır ədədi olaraq heç bir dəyər ifadə etmir, eyni zamanda bir sıra ədədlərin əsasını təşkil edərək, gizli potensial daşıyır.
Müasir Azərbaycan dilində şifr sözü əsasən iki mənada işlənir:
1. Gizli yazı üçün şərti işarələr sistemi: Bu, şifrin ən geniş yayılmış mənasıdır. Müxtəlif simvollar, əlifba hərflərinin dəyişdirilməsi, riyazi əməliyyatlar və ya başqa üsullar vasitəsilə məlumatın gizlədilməsi üçün istifadə olunan sistemlərə şifr deyilir. Məsələn: "Casuslar əlaqə üçün xüsusi bir şifr istifadə edirdilər.", "Şifri deşifr etmək üçün kriptanalistlər günlərlə çalışdılar." Bu mənada şifr sözü, kriptoqrafiya elminin əsas anlayışını ifadə edir.
2. Kitabların, yazıların, əlyazmalarının və s. gizli məzmunu (məcazı mənada): Bu mənada şifr sözü, açıq şəkildə ifadə olunmayan, ancaq müəyyən işarələr, simvollar və ya metaforalar vasitəsilə anlaşılan məlumatları bildirir. Məsələn: "Rəssamın əsərlərində gizli bir şifr var idi ki, onu anlamaq üçün sənət tarixini yaxşı bilmək lazım idi.", "Şeirdəki şifr yalnız seçilmişlərə açıq idi." Bu mənada, şifr, əsərin gizli mənasını, müəllifin ifadə etməyə cürət etmədiyi fikirlərini və ya işarələri bildirir.
Qeyd etmək lazımdır ki, şifr sözü həm də "şifrə" kimi də işlənir, lakin bu halda bir qədər qeyri-rəsmi üslubda istifadə olunur. "Şifrə" sözü, daha çox qapı, seyf və ya kompüter girişlərində istifadə olunan gizli kodu bildirir.