Qobustan adı coğrafi ad olaraq, "Qobuluq" və Farsca "-stan" (yer, ölkə) şəkilçisinin birləşməsindən əmələ gəlmişdir. "Qobuluq" sözünün özü də hələ tam aydınlaşdırılmamış etimologiyaya malik olsa da, geniş düzənlik, çöl, səhra kimi mənalar ehtiva edir. Beləliklə, Qobustan toponimi ümumilikdə "Qobuluq yeri", yaxud "Qobuluq ölkəsi" kimi tərcümə edilə bilər. Bu tərif, ərazinin relyef xüsusiyyətləri ilə tam uyğunluq təşkil edir, çünki Qobustan əsasən dağlıq və düzənlik relyef formalarının qarışığı ilə səciyyələnən bir ərazidir.
Ancaq "qobuluq" sözünün mənası barədə fərqli fikirlər də mövcuddur. Bəzi tədqiqatçılar "qoba"nın qədim türk dillərində "çöl", "səhra", "qumluq" kimi mənaları olduğunu irəli sürürlər. Bu baxımdan, Qobustan "çöl ölkəsi", "səhra yeri" və ya "qumluq ərazi" kimi də təfsir oluna bilər. Qobustanın iqlimi və ərazisinin bir hissəsində qumlu torpaqların olması bu təfsirləri dəstəkləyir.
Əslində, Qobustanın adı yalnız coğrafi təsviri ilə məhdudlaşmır. Qədim və zəngin tarixi, qayaüstü rəsmləri ilə məşhur olması, unikal geoloji quruluşu Qobustan adının arxasında gizlənən daha dərin mənaların olduğunu göstərir. Ona görə də, Qobustan sadəcə bir coğrafi ad deyil, həm də tarixin, mədəniyyətin və təbiətin birləşdiyi simvolik bir ad kimi də qəbul edilə bilər. Qobustan adı bu ərazinin özünəməxsusluğunu, unikallığını və zənginliyini əks etdirən bir ad olaraq yaşayır.