Patogenez (yun. pathos - əzab, əziyyət + genesis - yaranma, əmələgəlmə) termini insan və heyvan orqanizmlərində xəstəliklərin əmələ gəlmə mexanizmini, inkişaf mərhələlərini və nəticələrini əhatə edən mürəkkəb bir bioloji prosesi ifadə edir. Sadəcə xəstəlik prosesinin ardıcıllığı deyil, xəstəliyin yaranmasına səbəb olan amillərin (etioloji amillər), orqanizmin bu amillərə verdiyi cavab reaksiyalarının (patofizioloji mexanizmlər) və nəticədə meydana çıxan morfoloji dəyişikliklərin (patomorfologiya) bütövlükdə təhlilini özündə birləşdirir.
Patogenez, xəstəliyin inkişafını səbəbdən nəticəyə qədər izah edən bir sistematik təsvirdir. Bu təsvirdə xəstəliyin əmələ gəlməsi üçün zəruri olan bütün əsas addımlar – əvvəlcədən meylliliyə (predispozisiya) malik olma, xəstəliyin törədicisi ilə qarşılaşma, orqanizmin müdafiə mexanizmlərinin aktivləşməsi, toxumalarda zədələnmənin inkişafı və klinik əlamətlərin (simptomların) meydana çıxması ardıcıl şəkildə təhlil olunur.
Patogenezin tədqiqi müxtəlif səviyyələrdə aparılır: molekulyar səviyyədə (genlərin ifadəsinin dəyişməsi, fermentlərin aktivliyinin dəyişməsi), hüceyrə səviyyəsində (hüceyrə zədələnməsi mexanizmləri, apoptoz, nekroz), toxuma səviyyəsində (iltihab, fibroz) və orqan səviyyəsində (orqan çatışmazlığı). Müxtəlif xəstəliklərin patogenezi fərqli olsa da, ümumi prinsiplərə əsaslanır. Məsələn, iltihab prosesi bir çox xəstəliklərin patogenezində əsas rol oynayır.
Patogenez anlayışını daha aydın şəkildə göstərmək üçün bir neçə nümunə vermək olar: infeksiya xəstəliklərinin patogenezi mikroorqanizmlərin orqanizmə daxil olması, çoxalması, toxumalara zədə vurması və immun sisteminin reaksiyası kimi mərhələlərdən ibarətdir. İnme (insult) patogenezi qan damarlarının tıxanması və ya partlaması, beyin toxumasının oksigen çatışmazlığı və nekrozunun inkişafı ilə əlaqədardır. Xərçəngin patogenezi isə hüceyrənin genetik dəyişiklikləri, nəzarətsiz böyüməsi və metastaz əmələ gətirməsi ilə əlaqələndirilir.
Beləliklə, patogenez xəstəliyin əmələ gəlmə, inkişaf və nəticəsini anlamaq üçün zəruri bir konsepsiyadır. Onun dərin öyrənilməsi effektiv müalicə üsullarının inkişafı üçün əsas rol oynayır.