Şəfaxana sözü ərəb dilindən olan "şəfa" (شفاء - sağalma, müalicə) və fars dilindən olan "xanə" (خانه - ev) sözlərinin birləşməsindən əmələ gəlmişdir. Etimalogiyasına əsasən "sağalma evi" mənasını verir. Lüğətlərdə sadəcə "köhnə xəstəxana, müalicəxana" kimi tərifə rast gəlinməsinə baxmayaraq, sözün mənasını daha dəqiq və geniş şəkildə izah etmək mümkündür.
Tarixi kontekstdə "şəfaxana" termini müasir anlamda olan xəstəxanaların prototiplərini, yəni xəstələrin müalicə olunduğu, müəyyən dərəcədə tibbi xidmətin göstərildiyi hər hansı bir müəssisəni ifadə edirdi. Bu müəssisələr həm dövlət tərəfindən təsis edilə bilər, həm də xeyriyyəçilər və ya dini təşkilatlar tərəfindən yaradıla bilərdi. Müasir xəstəxanalardan fərqli olaraq, şəfaxanalar daha kiçik miqyaslı ola bilər, müasir tibb avadanlıqlarından məhrum ola bilər və müalicə metodları daha ənənəvi xarakter daşıya bilərdi.
Sözün istifadə edildiyi cümlələrə baxaraq mənasının kontekstdən asılı olaraq dəyişə biləcəyini görmək olar. Məsələn, "Sultanın şəfaxanasında çoxlu xəstə müalicə olunurdu" cümləsində dövlət tərəfindən idarə olunan böyük bir müalicə mərkəzi nəzərdə tutula bilər. "Dərvişin şəfaxanasında bitkilərlə müalicə aparılırdı" cümləsində isə daha kiçik miqyaslı, ənənəvi üsullarla müalicə aparılan bir yer nəzərdə tutula bilər. Yəni "şəfaxana" termini zaman və məkana görə müxtəlif miqyaslı və fərqli xüsusiyyətlərə malik müalicə müəssisələrini ifadə edə bilərdi.
Qısacası, "şəfaxana" sözü "xəstəxana" sözünün köhnə, daha geniş və tarixi kontekstdə istifadə olunan sinonimidir. Sözün dəqiq mənası yalnız kontekstdən asılı olaraq müəyyən edilə bilər.